Az idegszál fájdalommentes eltávolítása után, szükséges a csatorna megtisztítása és baktérium-mentesítése (lézeres sterilizálás). Mivel a szájüregben az oxigént nem kedvelő kórokozók élnek túlsúlyban, ezért a soft lézer optimális megoldásnak bizonyul a baktériumok elpusztítására és ezáltal a csatorna sterilizálására. A lézer úgy fejti ki a hatását, hogy melléktermékként ózont szabadít fel és az üvegszálon keresztül pontosan oda viszi be koncentráltan, ahol szükséges. Lézeres sterilizálás során az oxigénmentes környezethez szokott baktériumok elpusztulnak, gyorsabban fertőtleníthető a gyökércsatorna, és gyorsan készíthető el a gyökértömés. Tehát a lézeres sterilizálás javasolt a gyökérkezelés során.